Suele pasar que cuando hay capas emergentes y animaciones flash la capa se queda por debajo del Flash.

Basta con añadir esto dentro del elemento OBJECT:

<param name="wmode" value="transparent" />

Un ejemplo completo:

<object type="application/x-shockwave-flash" data="fichero.swf">
 <param name="wmode" value="transparent" />
 <param name="movie" value="fichero.swf" />
 <param name="quality" value="high" />
 <p>No dispone del plugin Flash Player, si lo desea puede <a href="http://www.adobe.com/go/getflashplayer">descargar el plugin</a>. [Resto de contenido alternativo].</p>
</object>

Este método tiene una pega: no funciona en sistemas Linux.