Con el siguiente comando:

htpasswd -nb usuario contraseña

Nos devolverá:

Automatically using MD5 format.
usuario:$apr1$v55Iklr1$K8xj83k6NxMPXeHXfdnRu/

La segunda línea es la que habrá que copiar.

En Windows será htpasswd.exe, precedido de la ruta en la que esté ubicado.

La contraseña va convertida a un MD5 especial de Apache. Habrá que hacer esto por cada usuario que se quiera insertar, y cada uno de esos usuarios irá en una línea del archivo .htpasswd.

Al archivo con los usuarios y contraseñas se le llamará desde el .htaccess:

AuthUserFile /ruta/a/.htpasswd
AuthType Basic
AuthName "Frase que saldrá en el cuadro de diálogo"
Require valid-user

Ver más en Proteger carpetas con .htaccess y .htpasswd.