En Prototype no hay equivalencia al método appendTo() de Jquery (enlace externo, en inglés), pero se puede suplir creando un método para Prototype.

Ejemplo de appendTo() en el que se selecciona el elemento LI ascendiente más próximo:

$('#id-1').appendTo('#id-2');

O crear un método para utilizarlo como en Jquery:

Element.addMethods({
  appendTo: function(elemento, nuevoContenedor, posicion) {
    var opciones;
    opciones = {};
    opciones[posicion] = elemento;
    nuevoContenedor.insert(opciones);
    return elemento;
}});

El método tiene tres parámetros:

• ‘elemento’: El elemento inicial que queremos mover.
• ‘nuevoContenedor’: El elemento de destino.
• ‘posicion’: Ubicación del elemento inicial en el elemento de destino (‘top’, ‘bottom’).

Y se utilizaría del siguiente modo:

Element.appendTo($('#id-1'),$('#id-2'),'top');