En Prototype no hay equivalencia al método appendTo() de Jquery (enlace externo, en inglés), pero hay un modo de suplirlo.

Ejemplo de appendTo() en Jquery:

elemento-a-mover.appendTo(elemento-de-destino);

Se puede crear un método para utilizarlo como en Jquery:

Element.addMethods({ 
  appendTo: function(elemento, nuevoContenedor, posicion) { 
    var opciones; 
    opciones = {}; 
    opciones[posicion] = elemento; 
    nuevoContenedor.insert(opciones); 
    return elemento; 
  }
});

Y se utilizaría del siguiente modo:

Element.appendTo(elemento-a-mover,elemento-de-destino,posicion));

La posición puede ser: ‘top’, ‘bottom’, ‘after’ o ‘before’.

Visto en Google Grupos: Prototype & script.aculo.us (enlace externo, en inglés).