Si un archivo en el que hay código Javascript está en codificación ANSI podemos encontrarnos con que al poner acentos por ejemplo en un alert salga algo como esto:

El código del alert:
alert('prueba de ácéntós');
La solución que he encontrado es la siguiente: utilizar los códigos Unicode de esos caracteres acentuados:
alert('prueba de \u00E1c\u00E9nt\u00F3s');
De esta forma ahora saldría esto:

Tabla de equivalencias Unicode
En el Javascript habrá que añadir antes del código Unicode correspondiente el siguiente fragmento: \u.
| Caracter especial | Código Unicode |
|---|---|
| Á | 00C1 |
| á | 00E1 |
| É | 00C9 |
| é | 00E9 |
| Í | 00CD |
| í | 00ED |
| Ó | 00D3 |
| ó | 00F3 |
| Ú | 00DA |
| ú | 00FA |