si en un sitio web se usan varias librerías Javascript (Prototype, Mootools) junto con Jquery podemos encontrarnos con incompatibilidades, ya que la función que Jquery utiliza para los selectores CSS se denomina igual que la que usa Prototype para seleccionar por identificador.

La solución es más sencilla de lo que parece:

var q = jQuery.noConflict();

La variable, en este caso la letra "q" será lo que se utilice en lugar del símbolo "$".

Sin aplicar la variable de eliminación de conflictos:

$("div p").hide();

Y aplicando la variable:

q("div p").hide();

Existen más formas de evitar conflictos explicadas con detalle en la documentación de Jquery.