Se utilizará un sistema parecido al de reemplazo de fragmentos de una cadena, añadiendo un par de arrays con los caracteres que hay que quitar y los que los van a sustituir, un método toLowerCase para sustituir mayúsculas por minúsculas y un while para hacer los reemplazos uno a uno:

function convierteAlias (nuevoAlias) {

 especiales = new Array('á','é','í','ó','ú','ñ',' ','´',':',',',';','.');
 normales = new Array('a','e','i','o','u','n','_','_','_','_','_','_');

 nuevoAlias = nuevoAlias.toLowerCase();

 i=0;
 while (i<especiales.length) {
  //nuevoAlias = nuevoAlias.replace(especiales[i], normales[i]);
  nuevoAlias = nuevoAlias.split(especiales[i]).join(normales[i]);
  i++
 }

 return nuevoAlias;

}