Hay un caso en el que la propiedad bottom no es interpretada correctamente en Internet Explorer 6: cuando el elemento con position:relative tiene un overflow:hidden y debajo está el elemento con position:absolute.

Ejemplo de HTML:

<div id="superior">
	<div id="inferior"></div>
</div>

Y ejemplo de CSS:

#superior {height:10em; overflow:hidden; position:relative;}
#inferior {bottom:0; left:0; position:absolute;}

En lugar de considerar el bottom desde la parte inferior del elemento contenedor, en el caso que he observado, desde un poco más abajo del final del documento.

De momento la única solución que he encontrado es montar un Javascript en el que se calcule la altura desde el principio del documento hasta el final del elemento posicionado de forma relativa. Y eso se le resta a la altura del documento. Una vez hecho esto puede que haya que ajustar algunos píxeles.