Se utilizará un sistema parecido al de reemplazo de fragmentos de una cadena, añadiendo un par de arrays con los caracteres que hay que quitar y los que los van a sustituir, un método toLowerCase para sustituir mayúsculas por minúsculas y un while para hacer los reemplazos uno a uno:

function convierteAlias (nuevoAlias) {

 especiales = new Array('á','é','í','ó','ú','ñ',' ','´',':',',',';','.');
 normales = new Array('a','e','i','o','u','n','_','_','_','_','_','_');

 nuevoAlias = nuevoAlias.toLowerCase();

 i=0;
 while (i<especiales.length) {
  //nuevoAlias = nuevoAlias.replace(especiales[i], normales[i]);
  nuevoAlias = nuevoAlias.split(especiales[i]).join(normales[i]);
  i++
 }

 return nuevoAlias;

}

Cuando se quiere cambiar caracteres o fragmentos de una cadena se recurre al método replace:

cadenaInicial = 'Texto de la cadena inicial';
cadenaResultante = cadenaInicial.replace('inicial','resultante');
// De forma que obtenemos "Texto de la cadena resultante"

Pero esto tiene el inconveniente de reemplazar solo la primera "inicial" que aparezca:

cadenaInicial = 'Texto inicial de la cadena inicial';
cadenaResultante = cadenaInicial.replace('inicial','resultante');
// De forma que obtenemos "Texto resultante de la cadena inicial"

Esto puede resultar inconveniente.

Pero hay solución, utilizando los métodos split y join:

cadenaInicial = 'Texto inicial de la cadena inicial';
cadenaResultante = cadenaInicial.split('inicial').join('resultante');
// De forma que obtenemos "Texto inicial de la cadena inicial"

Lo que se ha hecho es partir la cadena por el fragmento "inicial" y volver a unirlas, metiendo entre cada parte el fragmento "resultante".

Para convertir una cadena a mayúsculas:

cadena = 'Texto De Prueba';
cadena = cadena.toUpperCase();
//Devolvería "TEXTO DE PRUEBA"

Y para convertir una cadena a minúsculas:

cadena = 'Texto De Prueba';
cadena = cadena.toLowerCase();
//Devolvería "texto de prueba"